Asi zcela nechápu váš problém, ale obecně- je úplně jedno, zda součást editujete v okně sestavy (ostatní se vám vyšediví) nebo si ji otevřete ve zvláštním okně. Jedá se však stále o stejnou součást (je definována souborem ipt). V sestavě (soubor iam) NENÍ definován tvar - je to vlastně něco jako externí reference. Pokud uložíte sestavu, ve které jste měnil definici dílu, vždy se zeptá, zda se má uložit i díl. pokud to neuděláte, tak se pochopitelně díl nezmění i když jste uložil sestavu.

Pokud vymažete vazby, definující vzájemnou polohu dílů, počítejte s tím, že se vám potažením za kterýkoliv díl sestava nedefinovaně rozpadne. Pokud se vám zdá zavazbení nepřehledné, tak udělejte po správném umístění všech součástí to, že je všechny dáte jako pevné (kotvičkou). Pak ale už nebude moci s ničím hýbat. Lepší je nalézt si přehledný systém vazbení tak, aby jste se v tom vyznal (třeba i s tím, že si vazby pojmenujete - ve stromě lze editovat jejich název.

Z obrazku neni jasné, o co jde - ale pokud se vám rozhodí vazby po editaci součásti, tak byly nějak špatně nadefinovány (např. můžete mít převazbeno - Inventor "zkousne" nadbytečnou vaybu, pokud s ničím nekoliduje. V okamžiku, kdy jste zvedl podložku o 2 mm, mohla se tato přebytečná vazba stát kolizní).

Na kolmé díry (je jedno, zda jsou hladké nebo závitové) k osám specielně rotačních součástí musíte využít pomocných rovin. Doporučuji součást vždy již při tvorbě vazbit (vazbami 2D náčrtu) k základnímu souřadnému systému - pak si v 80% případů vystačíte se základními rovinami.