Aplikace Autodesk Navisworks využívá 3 interní formáty - soubory s příponou .NWC, .NWF a .NWD.
NWC (NavisWorks Cache) je importní formát - v tomto formátu se načítají modely exportované pomocí plugin modulů z AutoCADu nebo Revitu, popř. si jej Navisworks ukládá jako cache při převodu nativního CAD formátu.
NWF (NavisWorks File) je hlavní soubor projektu Navisworks. Obsahuje nastavení, materiály a především odkazy na jednotlivé zdrojové datové soubory projektu (xrefy).
NWD (NavisWorks Document) je publikační formát Navisworks. Je to obdoba publikačního formátu DWF nebo PDF. NWD soubor obsahuje veškerá data pro zobrazení projektu (nemá externí reference) a jde i zpětně načíst do Navisworksu. Pro prohlížení NWD jde použít bezplatný Navisworks Freedom.