Řeším záhadu: dám ve starém Autocadu 2000 příkaz Čisti, všechno vyčistím a uložím a výkres má 1797kB. Otevřu ho v Autocadu 2012, dám znova Čisti ale už to nic dalšího nenajde. Uložím to a výkres má už jen 1512kB. Má to čištění DWG ve verzi 2012 ještě nějaké další účinky?

Myslím, že záhada v tomto případě není skryta v příkazu Čisti, nýbrž spíše v DWG formátu. Od verze 2007 totiž DWG formát využívá vnitřní kompresi, takže výsledná velikost souborů bývá menší.
 
Viz např.:
http://www.cadforum.cz/cadforum/qaID.asp?tip=6019

Hlavně vyčistit měřítka poznámek a filtry hladin

Parkrat se mi stalo ze vznikla chyba primo v souboru (mozna pri te jejich komprimaci).Soubor s par carami mel velikost cca 1,5mega kdyz sem z vykresu vymazal vsechyny entity, vycistil meritka, nulove entity. proxy, reference, rozvrzeni atd. tak soubor mel stale neumernu velikost a silene zpomaloval acad. Nejjednoduzsi reseni bylo cary prekopirovat do noveho cisteho vykresu

To ne, komprimace je interní funkce, čistě souborová operace (stejně jako je třeba WinZIP), ve které chyba být nemůže (už by se dávno projevila tisícům uživatelů). Příčin "nafouknutí" výkresu ale může být mnoho, takže pokud jde o klasické zkrácení výkresu (jiný problém než popisuje pan ZPártl), postupujte dle tipu:
 
http://www.cadforum.cz/cadforum/qaID.asp?tip=232