Při otevření CAD není výkres1, prázdný ale obsahuje jeden můj starší výkres včetně hladin ap, Nevím jak s tím pryč ?

Asi jste si uložil nějaký výkres jako šablonu (ACAD.dwt v adresáři Templates).

Chová se tak pouze šablona acadiso stačí teda tuhle šablonu smazat a nahrat novou ? 

Přesně tak - ideálně nahrát si čistou šablonu z jiného počítače (jen pozor, aby v ní nebyly nějaké uživatelské úpravy - šablona obsahuje základní nastavení).