Něco jsem si změnil a Civil 3D se mi teď spouští jen jako AutoCAD - nemám tam civilové funkce. Jak to mám vrátit zpátky?

Zřejmě Civil3D spouštíte s nesprávným profilem. Ověřte si, že je ve spouštěcím řetězci něco jako:
 
/p "<<C3D_Metric>>"
nebo
/p "<<C3D_Czech>>"
 

Díky, to /p jsem tam neměl vůbec. Už to funguje.